原文:用python包networkx绘制基因调控网络

最近需要绘制基因调控网络,选择了python语言中比较popular的networkx包,先上目前结果图: 节点是基因或者其他实体,边代表调控关系,黑色的边代表抑制,红色的边代表激活,红色的节点代表自我激活,黑色的节点代表自我抑制。 绘制的关键点:边可以有不同的颜色,指向符号可以修改,可以绘制出自循环的边 self loop 本来抑制的边用截止符号 更好,但是发现有时候看不清是来自哪条边的,所以就 ...

2020-07-28 09:39 0 566 推荐指数:

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python networkx绘制网络

1.简单使用 2. 3.网络分析与计算 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=404069&do=blog&classid=141080&view=me&from ...

Wed Jul 12 18:52:00 CST 2017 0 1368
浅析GENIE3基因调控网络推断

GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基于树的集成学习算法,来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE3末尾的3并不是指GENIE的第三版本,而是因为通过法语口音来发音的话 ...

Wed Mar 31 04:33:00 CST 2021 0 481
基因调控网络 (Gene Regulatory Network) 01

本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因 ...

Sun Feb 16 05:46:00 CST 2020 0 5387
python-plot and networkx绘制网络关系图

1、用matplotlib绘制网络图   基本流程:  1. 导入networkx,matplotlib  2. 建立网络  3. 绘制网络 nx.draw()  4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用 最基本画图程序 2、networkx 提供 ...

Mon May 06 06:24:00 CST 2019 0 2449
Python - networkx

networkxPython的一个,用于构建和操作复杂的图结构,提供分析图的算法。图是由顶点、边和可选的属性构成的数据结构,顶点表示数据,边是由两个顶点唯一确定的,表示两个顶点之间的关系。顶点和边也可以拥有更多的属性,以存储更多的信息。 对于networkx创建的无向图,允许一条边的两个顶点 ...

Mon Apr 15 18:37:00 CST 2019 0 9103
python网络画图——networkX

networkX tutorial 绘制基本网络图 用matplotlib绘制网络图 基本流程: 1. 导入networkx,matplotlib 2. 建立网络 3. 绘制网络 nx.draw() 4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用 最基本画图程序 ...

Sun Jul 17 06:53:00 CST 2016 0 9730
 
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