admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，进化树，群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 2 简单使用 第一步：将VCF变为plink格式 ...
原文：使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分
ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比，它的速度更快。 下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的数据，这里以 plink 格式的文件为例。 筛选SNP SNP 数量太多，计算会非常慢。可以使用 plink 的 indep pairwise 命令，通过 LD 筛选位点： 寻找最佳k ...
2020-07-26 23:04 0 869 推荐指数：
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