下载和安装 从官网(https://genomics.ut.ee/en/tools/gwama-download)上下载或: wget http:/www.geenivaramu.ee ...
TOC Meta analysis是什么 常用的工具有哪些 深入Meta analysis的统计学原理 Meta analysis实例,输入输出分别是什么 Meta analysis注意事项,模型选择 关于Meta的在不同场景下的意思 Meta analysis是什么 常用的工具有哪些 就是整合分析,大概是借鉴了医学里的meta分析,将不同的GWAS整合到一起,可以是同一个trait,也可以是几个 ...
2020-07-24 02:28 0 1165 推荐指数:
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有很多概念需要明确区分: 人有23对染色体,其中22对常染色体autosome,另外一对为性染色体sex chromosome,XX为女,XY为男。 染色体区带命名:在标示一特定的带时需要包括4项 ...
一、为什么要做GWAS的条件分析(conditional analysis) 我们做GWAS的时候,经常扫出一堆显著的信号,假设rs121是我们扫出来与某表型最显著相关的位点(P=1.351e-36),rs124尾随其后(6.673e-22),也是与该表型显著相关,那么这个时候,我们就有问题 ...
问题: 什么是遗传分析genetic analysis?发展逻辑是什么? 疾病和变 ...
): MAGMA: Generalized gene-set analysis of GWAS data. ...
为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说,如果数据存在群体分层,却不加以控制,那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时,常规手段就是将分层的群体独立分析,最后再做meta分析。 1.如何判断群体是否分层 先用plink计算PCA ...
前言 关于全基因组关联分析(GWAS)原理的资料,网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒,不愿意动笔,但想着既然答应了,不写说不过去。 我写 ...
LSA的工作原理: How Latent Semantic Analysis Works LSA被广泛用于文献检索,文本分类,垃圾邮件过滤,语言识别,模式检索以及文章评估自动化等场景。 LSA其中一个目的是解决如通过搜索词/关键词(search words)定位出相关文章。如何通过对比单词 ...