原文:使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

EHH Extended Haplotype Homozygosity iHS Integrated Haplotype Score 和 XP EHH Cross Population Extended Haplotype Homozogysity 是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的方法。其中,EHH 和 iHS 是检测一个群体中的选择信号,而 XP EHH 是在两个群体中进 ...

2020-07-19 18:11 0 969 推荐指数:

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haploPS、XP-EHH、 Fst检测正向选择信号的实例介绍

欢迎来到"bio生物信息"的世界 下面是一篇文献介绍。 关于人类基因组正向选择信号检测分析。 1.正向选择的概念 正向选择:某一突变位点逐渐积累,成为优势的位点。 具体表现为:随着时间延长,该位点的突变基因型频率越来越高,远远超过野生型; 2.正向选择的目的 通过比较驯化/野生 ...

Sat Jan 04 02:59:00 CST 2020 0 1793
使用XP-CLR检测基因组选择信号

检测基因组选择信号方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test ...

Sun Jun 14 03:48:00 CST 2020 3 1667
使用Python版XP-CLR检测基因组选择信号

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异 ...

Sun Jun 14 03:50:00 CST 2020 0 598
[原]基因组变异检测概述

考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章,进过多番折腾,终于用jekyll+github搭了个独立博客www.huangshujia.me,现在博客已经搬迁! 首先,在开始之前我觉得有必要稍微科普缓冲一下,以便不使得不熟悉生物信息或基因组的客官们疑惑。O(∩_∩)O! 1. ...

Sun Sep 29 08:19:00 CST 2013 5 3582
参考基因组

Reference Consortium Human Build 38),GRCh38 在UCSC基因组浏览器还有个 ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
 
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