原文:蛋白质组学数据的归一化/标准化处理

目录 .前言 .主要方法及代码实现 .标准化方法评估 .MaxQuant中的Intensity,LFQ和iBAQ .资源列表 .前言 目的: 调整由于技术,如处理 上样 预分 仪器等造成的样本间误差。这实际上是一种数据缩放的方法。一般在一个表达矩阵中,会涉及到多个样本,其表达量差异比较大,不能直接进行比较。比如某个样本表达量很大,在总体中就会占据绝对领导地位,这样就会掩盖掉表达量小的样本的作用, ...

2020-07-17 23:41 0 6021 推荐指数:

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蛋白质数据的缺失值填充

缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎,蛋白质也不例外,简单记录下,可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源:完全随机缺失(MCAR,如质谱仪抖动,对数据影响无偏好性,均一分布),随机缺失(MAR,依赖于其他观测变量,如时间梯度越长采集越可能出现缺失值),非随机缺失 ...

Sun Jul 19 06:17:00 CST 2020 0 1347
蛋白质数据分析——(1)原理

当前,关于高通量蛋白质的研究远不如NGS这般火热,网上关于这方面的知识也寥寥无几,从事这一行也有一段时间了,但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训,所以是时候把知识点总结一下,权当复习。当然整个蛋白质研究也算纷繁复杂,不可能面面俱到,而且很多东西我也在学习当中,肯定会出现不少纰漏 ...

Thu Jul 18 06:59:00 CST 2019 1 9679
【4】蛋白质鉴定软件之MSGFPlus

目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的,2008年初次发表JPR,2014年升级发表NC,免费开源,持续更新维护,良心软件。而且,有研究者对不同蛋白质鉴定软件进行比较分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
【5】蛋白质鉴定定量软件之PD

目录 1.简介 2.安装与配置 3.分析流程 4.结果 1.简介 PD全称Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件,没错,收费,还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据 ...

Sat Aug 29 05:33:00 CST 2020 0 1961
【6】蛋白质鉴定定量软件之MaxQuant

目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt ...

Sat Aug 29 07:48:00 CST 2020 1 7725
质谱和蛋白质领域简述

从事基于质谱的蛋白质信息分析也有一年多时间了,回过头来还是需要缕一缕这个领域的方方面面,温故知新。 简要概述 蛋白质(Proteomics)是研究一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质的统称。作为系统生物中的重要组成部分,处于中心法则下游,相比于基因和转录而言,发展比较缓慢 ...

Mon Jun 24 03:21:00 CST 2019 0 2200
 
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