一、为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象，即该群体的祖先来源多样性，我们知道的，不同群体SNP频率不一样，导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点（不一定是显著信号位 ...

基因型过滤标准：保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点： bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > ...

归纳总结：伴X遗传，雄性中Xb的基因频率等于基因型频率，在雌性中，Xb基因频率也等于雄性中Xb基因的频率。因为雌性有两条X染色体，其遗传符合遗传平衡定律，即：(P+Q)²=P²+2PQ+Q²=1，P代表代表XB ‚Q代表Xb，P²代表XBXB，2PQ代表XBXb，Q代表XbXb。 ...

在全基因组关联分析中，处理芯片数据时，必须走的一个流程就是基因型数据填充（imputation）。 当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。 下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。 1 进入Michigan Imputation Server Michigan ...

一、芯片数据 此次拿到的illumina芯片数据并不是原始的数据，已经经过GenomeStudio软件处理成了finalreport文件，格式如下： 之前没处理过芯片数据，对于这种编码模式（Forward，top AB）的基因型数据很疑惑，查了很多资料，收效甚微。看过建明大神对芯片这块 ...

在合并数据过程当中，经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的，这是一件很头疼的事。 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢。 举个最简单的例子，假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数据。那么存在以下几种可能：1）小明的基因型数据统一好正链或者负链；2）小红的基因型数据统一 ...

用--recode命令，--out表示转化的文件的名字，本例已经命名为“filter” ...

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. ...