amber初学……
以下是分子动力学模拟的一般性步骤, 具体的步骤和过程依赖于你研究的体系和所用的软件, 但这并不影响我们把它当作一个入门指南. 1. 评估体系 首先需要对我们要进行模拟的体系做一个简单的评估, 有三个问题是我们必须要明确的: 2. 选择工具 选择合适的模拟工具, 大前提是它能够实现 ...
原文：amber中pdb4amber简单用法
以如下命令举例： 命令中： i 代表pdb输入 o 代表pdb输出 d 代表dry，去除所有水 s 代表去掉以ATOMMASK为标准的原子，这里去掉了Cl 和Na m 代表残基突变，突变 位氨基酸为ALA，当然这种突变只是坐标替换，不涉及能量优化，多突变以 , 分隔。 ...
2020-06-30 20:51 0 775 推荐指数：
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