甲基化数据QC：使用甲基化数据计算样本间的相关性
样本间的相关性，可以反映公司加样时是否存在重复加样的错误。 下面简要介绍一下如果利用甲基化数据计算样本间的相关性 1、提取甲基化探针的snp位点、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自带的。 如果是自己的数据，那么提取甲基化snp位点用的是没有经过过滤的原始数据 ...
原文：甲基化样本和CpG位点QC的总流程（450k和850k）
这篇应该是甲基化QC的最后一篇啦。 感谢健明带入门。 我前面已经写完两篇： QC :甲基化数据QC：使用甲基化数据计算样本间的相关性 QC :甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型 ewastools工具 下面补充一下对甲基化样本和CpG位点QC的总流程： 导入 加载安装包 加载数据 加载甲基化注释包 加载样本信息数据 读取甲基化的原始数据idat 将样本名添加到甲基化数据中 开始QC ...
2020-06-23 21:58 0 2151 推荐指数：
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