原文:联合使用PrediXcan、MetaXcan基于GWAS结果预测靶基因及特异性组织的表达(又名全转录组分析Transcriptome-Wide AnalysisS)

PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因,弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程: 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工具进行全转录组分析 Transcriptome Wide Analysis 该工具最大的优点是不需要 ...

2020-06-19 21:26 4 1376 推荐指数:

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特异性转录组测序

特异性转录组测序 非链特异性转录组测序信息不包含链方向的特征信息,对正义和反义转录本无法准确判断,导致无法反映真实的转录情况。而链特异性转录组测序(strand-specific RNA seq)可以解决这个问题。链特异性建库的方式是在合成cDNA的第二条链时 ...

Fri Oct 19 19:05:00 CST 2018 0 1741
HOMER | MEME | 转录因子的基因预测 | motif富集分析

转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对 ...

Wed Apr 17 20:49:00 CST 2019 0 4103
(史上最全)SNP位点与转录因子结合特异性数据库:GVATdb

众所周知,基因组关联分析GWAS)发现的很多变异位点基本为非编码,这些变异位点1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是。 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https ...

Sat Feb 06 04:53:00 CST 2021 0 550
对链特异性建库的理解

对链特异性建库的理解 2018年07月27日 01:21:03 sixu_9days 阅读数:650 标签: 链特异性建库LncRNA-seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...

Thu Oct 18 18:50:00 CST 2018 0 1265
GWAS基因组关联分析

出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
 
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