Mol Biol——武汉植物园 土豆JIPB——黄三文 2. 分析要 ...
PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因,弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程: 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工具进行全转录组分析 Transcriptome Wide Analysis 该工具最大的优点是不需要 ...
2020-06-19 21:26 4 1376 推荐指数:
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链特异性转录组测序 非链特异性转录组测序信息不包含链方向的特征信息,对正义和反义转录本无法准确判断,导致无法反映真实的转录情况。而链特异性转录组测序(strand-specific RNA seq)可以解决这个问题。链特异性建库的方式是在合成cDNA的第二条链时 ...
转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对 ...
或者T都是可以的 miRNA 靶基因预测我采用了3个工具 1、psRNATarget: ...
众所周知,全基因组关联分析(GWAS)发现的很多变异位点基本为非编码,这些变异位点1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是。 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https ...
全基因组关联分析流程: 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列,内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...
对链特异性建库的理解 2018年07月27日 01:21:03 sixu_9days 阅读数:650 标签: 链特异性建库LncRNA-seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...
出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...