原文:全基因组数据分析原始数据到变异数据(Fastq->VCF)

WGS数据分析目的:检测出每个样本基因组中的变异集合 不同样本中的差异序列 WGS数据分析流程分为三步:原始数据质控 gt 数据预处理 gt 变异检测 .原始数据质控阶段:拿到原始测序数据 gt QC过滤低质量的read数据 .数据预处理阶段:read比对 gt sort排序 gt 去除重复 gt 局部重比对 gt 碱基质量校正 BQSR gt 变异检测 .变异质控过滤 VQSR gt 结果 分析 ...

2020-05-29 22:20 0 771 推荐指数:

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基因组测序及数据分析基础

华大的春季培训课程之一:https://ke.qq.com/course/1128997?taid=7160092735650341,我认为讲得很好,介绍全面而详细,加了一些个人经验(侵删)。 流程众多,对于结果会有一些差异,尤其是对低频变异。如果很关注低频位点 ...

Sun Mar 29 07:49:00 CST 2020 0 908
【3】肿瘤基因组数据分析方法概述

目录 肿瘤基因组分析 肿瘤标准分析 高级分析 肿瘤数据库 肿瘤基因组分析 肿瘤进化过程 基本概念:germline/somatic/driver/passenger mutation 二次打击学说:生殖突变+体细胞突变 主要 ...

Tue Aug 25 17:46:00 CST 2020 0 948
基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》学习笔记

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA,检测并排列,此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说,基因组测序的价值是极大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性,当然也意味着更大的数据解读 ...

Tue Jun 29 19:59:00 CST 2021 0 161
基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》学习笔记WGS

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA,检测并排列,此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说,基因组测序的价值是极大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性,当然也意味着更大的数据解读 ...

Fri Jul 02 02:01:00 CST 2021 0 204
R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

版权声明:本文为博主原创文章,转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快。包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上 ...

Sat Mar 25 05:56:00 CST 2017 0 6474
kaggle数据挖掘竞赛初步--Titanic<原始数据分析&缺失值处理>

Titanic是kaggle上的一道just for fun的题,没有奖金,但是数据整洁,拿来练手最好不过啦。 这道题给的数据是泰坦尼克号上的乘客的信息,预测乘客是否幸存。这是个二元分类的机器学习问题,但是由于数据样本相对较少,在当时慌乱的情况下幸存者有一定的随机性,还是有一定挑战的。https ...

Fri Mar 20 21:00:00 CST 2015 1 19721
 
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