原文:上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传

上传RNA seq数据到NCBI GEO数据库 单细胞RNA数据上传 SRA NCBI example NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 几个T 。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了 copy太慢,也太占空间 。 接下来,NCBI账号申请好了,那就可以直接 ...

2020-05-26 13:44 0 1220 推荐指数:

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上传RNA-seq数据NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间 ...

Wed May 30 00:58:00 CST 2018 0 6106
单细胞 RNA-seq 10X Genomics

单细胞流程跑了不少,但依旧看不懂结果,是该好好补补了。 有些人可能会误会,觉得单细胞RNA-seq数据很好分析,跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别。今天的这篇文章2015年3月发表在Nature Genetics Review上,专门说明了一下单细胞RNA测序数据数据分析和计算 ...

Sat May 27 00:06:00 CST 2017 0 13409
RNA-seq 数据的简单分析

主要介绍如何分析RNA-seq 数据 参考文档 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...

Fri Oct 09 04:56:00 CST 2015 0 11048
RNA-seq表达数据之样本PCA分析

Principal component analysis (PCA) 分析 主成分分析(PCA)帮助我们归纳总结和可视化数据集中的信息,这些数据包含由多个相互关联的变量描述的个体 / 观察主成分分析。 可以将每个变量视为不同的维度。 但如果您的数据集中有3个以上的变量,那么很难在多维超空间可视化 ...

Wed Nov 27 03:24:00 CST 2019 0 1509
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程

补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
Circular RNA的产生机制、功能及RNA-seq数据鉴定方法

推荐关注微信公众号:AIPuFuBio,和使用免费生物信息学资源和工具AIPuFu:http://www.aipufu.com。 【Circular RNA的产生机制】 Circular RNA,缩写为circRNA,中文名为环状RNA,属于非编码RNA,是近年的一个重要研究热点 ...

Thu Oct 03 05:54:00 CST 2019 0 565
 
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