原文:使用 PhyML 构建进化树

.PhyML简介 使用 PhyML 构建最大似然树。参考文献:New Algorithms and Methods to Estimate Maximum Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML . . PhyML 的下载和安装 wget http: www.atgc montpellier.fr download b ...

2020-06-05 17:32 0 1574 推荐指数:

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根据VCF构建进化树

VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件进行简单使用 操作 得到的结果如下所示 3 构建树 在线构建 上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0。上传以后,选择Data type为Distance ...

Mon Jan 11 04:59:00 CST 2021 0 510
构建进化树——bootstrap tests

bootstrap检验是什么? bootstrap检验即自举法检验,就是放回式抽样统计法,通过对数据集多次重复取样,构建多个进化树,用来检查给定的分枝可信度。 自举检验(bootstrapping)介绍 基因是对一组序列进化关系真实模式的一个估计. 说基因是一种估计,是因为在置换数目 ...

Fri May 01 03:29:00 CST 2020 0 825
序列比对和构建进化树(clustalw和phylip)

安装clustalw很简单,不提了。 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1、输入 ./clustalw2 进入交互模式     2、选择1 并输入文件名字 ...

Mon Dec 17 00:48:00 CST 2018 0 1713
系统进化树-原理介绍及软件使用

--系统进化树-原理介绍及软件使用-- 引自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html 什么叫系统进化? 系统发生分析一般是建立在分子钟基础上的。分子钟:分子序列进化是按照一恒定速率进行的,所以积累突变的数量 ...

Sat Mar 26 01:05:00 CST 2016 0 10338
使用RAxML做Maximum likelihood 进化树

没有授权禁止转载 话说ML进化树如果要进行高bootstrap值的验证的话对于计算能力要求是很高的。不并行做基本不可能。 所以下了一个RAxML,在linux下有好几种编译方式,看了一下手上的机器支持AVX指令集,所以选择AVX-MPI方式吧。 先安装openmpi,照网上教程编译就行 ...

Mon Jan 04 03:32:00 CST 2016 0 4650
 
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