原文:ATAC-seq数据处理流程 | 自定义 & 个性化分析

本文的分析套路剑指 分的journal,全是干货。 发现一个不错的专题,讲得很详细。 ATAC seq ChIP seq分析方法 其中一个细节IDR,讲得很通俗。 第 篇:重复样本的处理 IDR ATAC seq data analysis: from FASTQ to peaks 基本概念: ATAC seq和ChIP seq鉴定出来的peak到底是一些什么区域 除了promotoer就是enh ...

2020-05-25 00:14 0 4253 推荐指数:

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ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程

补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
ATAC-seq

ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性 ...

Sun Feb 23 02:57:00 CST 2020 0 908
使用DiffBind 进行ATAC-seq peaks差异分析

DiffBind是基于peak的差异分析包,peaks由其他peak caller软件生成,如MACS2、HOMER.一个peak可能表示一个染色质开放区域、蛋白质结合位点等。call出来的peak是包含它的染色体、开始和结束位置信息的,然后可以通过bam文件根绝位置信息获取在peak上的read ...

Thu Oct 29 05:22:00 CST 2020 0 2056
源码分析springboot自定义jackson序列化,默认null值个性化处理返回值

  最近项目要实现一种需求,对于后端返回给前端的json格式的一种规范,不允许缺少字段和字段值都为null,所以琢磨了一下如何进行将springboot的Jackson序列化自定义一下,先看看如何实现,再去看源码 第一步:写配置类 第二步:编写值为null时的自定义序列化 ...

Fri Sep 25 22:29:00 CST 2020 3 1256
三 Hive 数据处理 自定义函数UDF和Transform

三 Hive 自定义函数UDF和Transform 开篇提示:  快速链接beeline的方式: 1.自定义函数UDF   当Hive提供的内置函数无法满足你的业务处理需要时,此时就可以考虑使用用户自定义函数(UDF:user-defined function ...

Tue Dec 12 02:30:00 CST 2017 0 1131
Qt 个性化标题栏,自定义标题栏

目前还没有达到自己满意的地步,魔方别人写的的,先提供参考,后面在加入新的东西 头文件 #ifndef TITLEBAR_H #define TITLEBAR_H #include & ...

Wed Dec 28 20:57:00 CST 2016 0 1859
 
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