DNA甲基化
一、DNA甲基化简介 1 、概念：DNA甲基化是一种重要的表观遗传，是指DNA被化学小分子修饰的一种方式，即甲基（-CH3）共价结合到脱氧核糖核苷酸上，可以不改变脱氧核糖核苷酸序列而引起基因表达的的改变。 2 、发生位点：真核生物常见的甲基化位点有CpG（最主要）、CHG（H指A/T/C ...
原文：在甲基化ChAMP包中加入协变量
最近在分析甲基化数据，发现ChAMP包的输入端是beta 甲基化数据 和pheno 表型数据 ，找不到校正协变量 比如年龄 性别 批次等 的输入端。 如下代码所示： 查了一下ChAMP包的代码，发现ChAMP包调用的是limma函数。 因此，这事就比较好解决了。 只需要在原代码的基础上修改model就行了。 下面介绍一下如何修改model。 创建甲基化数据集和表型 协变量数据集 甲基化数据如下所示 ...
2020-05-19 22:24 0 726 推荐指数：
相关推荐
甲基化问题锦集
甲基化问题锦集 【2017-02-18】 今天小编和大家聊聊甲基化。 问：什么是表观遗传修饰？ 答：基因组表观遗传修饰主要包括DNA甲基化修饰与核小体中组蛋白的修饰等，使得被修饰DNA ...
TCGA系列--甲基化神器mexpress
http://mexpress.be/ ...
FEM：整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析的R包
FEM是一个整合RANSEQ和DNA甲基化数据的R包，由Andrew E. Teschendorff 和 Zhen Yang 开发、维护。 不多说，下面介绍如何使用FEM整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析。 1、安装、下载FEM 2、下载数据adj.m adj.m数据存储在网 ...
甲基化数据QC：使用甲基化数据计算样本间的相关性
样本间的相关性，可以反映公司加样时是否存在重复加样的错误。 下面简要介绍一下如果利用甲基化数据计算样本间的相关性 1、提取甲基化探针的snp位点、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自带的。 如果是自己的数据，那么提取甲基化snp位点用的是没有经过过滤的原始数据 ...
DNA甲基化及其测量方法（转）
转自声明的奥秘 www.lifeomics.com DNA甲基化与肿瘤发生： DNA甲基化水平和模式的改变是肿瘤发生的一个重要因素。这些变化包括CpG岛局部的高甲基化和基因组DNA低甲基化状态。如图1左所示，在正常细胞中，位于抑癌基因启动子区域的CpG岛处于 ...
甲基化分析中limma包中的logFC值是怎么来的
最近在做甲基化分析，看到logFC值，突然好奇这个值是怎么转化过来的。 测试了一下，limma的logFC值与glm函数的Estimate值是一样的。 以下是limma包的结果，可以看到 logFC值为-0.09222974： 以下是glm函数的结果： logFC值用公式来表示 ...