群体遗传参数
1 Theta (\( \theta \)) 群体遗传学中，在中性 Wright-Fisher 模型 (neutral Wright-Fisher model) 下，尺度参数为 \[\theta = 4N\mu\] 为每世代平均突变数的两倍。其中，\(N\) 为有效群体大小 ...
原文：重测序（RADseq）做群体遗传分析套路
实验材料 构建的群体，或自然群体，如各地方品种。 RAD文库构建 提取DNA后，构建文库，简要步骤如下： 限制性内切酶Taq 酶切 连接P 接头 DNA随机打断片断化 目的片段回收与末端修复 连接P 接头 RAD片段富集 上机测序。 参考：Rapid and cost effective polymorphism identification and genotyping using restri ...
2020-05-13 15:40 0 2049 推荐指数：
相关推荐
群体遗传之ped格式
1、PED简介 PED文件格式是广泛使用的用于连锁系谱数据分析的格式，并用作plink程序的输入。PLINK是一个免费的，开源的全基因组关联分析工集，旨在以高计算效率的方式执行一系列基本的，大规模的分析。PED能够处理二倍体SNP数据。 空格(空格或制表符)分隔的文本文件*.ped ...
一个全基因组重测序分析实战
Original 2017-06-08 曾健明 生信技能树 这里选取的是 GATK best practice 是目前认可度最高的全基因组重测序分析流程，尤其适用于 人类研究。 PS：其实本文应该属于直播我的基因组系列，有两个原因把它单独拿出来 ...
群体遗传之近交系数
--out test_out 群体遗传学中，经常提到群体间随机交配，随机交配是Hardy-We ...
群体结构分析
群体结构图形——structure堆叠图 2016/05/17 分享到： 之前基迪奥已经为大家介绍过群体结构两种图形——PCA图和系统发生树，今天我们来介绍最后一种图形——structure堆叠图 ...
admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，进化树，群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 2 简单使用 第一步：将VCF变为plink格式 ...
全基因组重测序基础及高级分析知识汇总
全基因组重测序基础及高级分析知识汇总 oddxix 已关注 2018.09.20 17:04 字数 11355 阅读 212评论 0喜欢 6 转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11 ...