原文:【Python小试】计算目录下所有DNA序列的Kmer并过滤

背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念,简单来说,Kmer就是长度为k的核苷酸序列。一般长短为m的reads可以分成m k 个Kmer。Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果。 Denovo组装流程:原始数据 数据过滤 纠错 kmer分析 denovo组装。 组装测序策略:根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值,构建contig所需的数据量以及所需的构建的文库数量。对于植物基因组一般 ...

2020-05-13 15:28 0 717 推荐指数:

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教你用Python遍历指定目录下所有文件以及文件的过滤

写程序我们经常会遇到需要遍历某一个目录下所有文件这个操作,之前也写过很多用java实现的。但是java里面只能获取当前目录下列表,然后需要循环判断哪些是目录,哪些是文件,然后再进行文件夹的循环遍历,可以说相当麻烦。然而python有现成的库,只需要2个循环就可以搞定 ...

Thu Mar 22 18:45:00 CST 2018 0 34196
python 某个目录下所有文件列表

使用os.listdir() 函数来获取某个目录中的文件列表 import os names = os.listdir('somedir') 结果会返回目录所有文件列表,包括所有文件,子目录,符号链接等等。如果你需要通过某种方式过滤数据,可以考虑结合os.path 库 ...

Mon Jan 07 19:43:00 CST 2019 0 1474
Python递归遍历目录下所有文件

#自定义函数: import ospath="D:\\Temp_del\\a"def gci (path): """this is a statement""" parents = os.listd ...

Thu Jul 03 00:52:00 CST 2014 0 104715
 
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