【宏蛋白质组】搜库工具简介与评估
宏蛋白质组数据分析相对较难，不同于常规蛋白质组分析，因为数据库太大，无法直接进行搜库匹配，需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何，还需要测试。 1.ProteoStorm 发表：ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics ...
原文：【宏蛋白组】iMetaLab平台分析肠道宏蛋白质组数据
目录 一 iMetaLab简介 二 内置工具与模块 . Data Processing module . Functional Analysis . R Developing environment . R based data analysis packages . Web development libraries and frameworks 三 报告内容 . 谱图肽段ID统计 . 肽段鉴 ...
2020-05-13 15:23 0 735 推荐指数：
相关推荐
蛋白质组学数据分析——（1）原理
当前，关于高通量蛋白质组学的研究远不如NGS这般火热，网上关于这方面的知识也寥寥无几，从事这一行也有一段时间了，但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训，所以是时候把知识点总结一下，权当复习。当然整个蛋白质组学研究也算纷繁复杂，不可能面面俱到，而且很多东西我也在学习当中，肯定会出现不少纰漏 ...
蛋白质组学实验设计、质控与分析
1. 实验设计与技术路线 (1) 常用流程 流程 说明 1.材料收集 细胞、细胞上清、组织、血浆、血清、脑脊液、外泌体、尿液...... 2.定量技术 蛋白组：iTRAQ/TMT ...
蛋白质组学数据的缺失值填充
缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎，蛋白质组学也不例外，简单记录下，可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源：完全随机缺失（MCAR，如质谱仪抖动，对数据影响无偏好性，均一分布），随机缺失（MAR，依赖于其他观测变量，如时间梯度越长采集越可能出现缺失值），非随机缺失 ...
蛋白质组学数据分析笔记汇总
前言 之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016-2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复，但我也不想 ...
【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus
目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的，2008年初次发表JPR，2014年升级发表NC，免费开源，持续更新维护，良心软件。而且，有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析 ...
【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD
目录 1.简介 2.安装与配置 3.分析流程 4.结果 1.简介 PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件，没错，收费，还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据 ...
【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant
目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年，德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件（MQ），并发表在nbt ...