plink: 计算多个SNP集的连锁不平衡（ld）
plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...
原文：LDheatmap | SNP连锁不平衡图（LD）可视化，自己数据实现版！
本文首发于 生信补给站 ，https: mp.weixin.qq.com s Gl BChxSYbSHMo oMpufPg 连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称 倒三角 图。 本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不大不小的 坑 ，我替你们趟了。。。 一 载入R包 数据 数据为内置CEUData保存后，进行了 细微 ...
2020-05-09 10:31 0 1131 推荐指数：
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PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。 命令如下： plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据： --ld rs123 rs134: R-sq ...
推荐一个画连锁不平衡图（LD block）的软件LDBlockShow，亲测比haploview好用！
文件即可，简直就是心头好。 直接下载安装: 画LD图： LDBlockShow -InVCF ...
哈代平衡 &连锁不平衡
哈代-温伯格平衡定律（Hardy-Weinberg equilibrium）,即HW平衡，是指对于一个大且随机交配的种群，基因频率和基因型频率在没有迁移、突变和选择的条件下会保持不变。它是建立在一个理想的群体模式上的，有四个假设前提：1.群体无限大；2.随机婚配；3.没有突变；4.没有大规模迁移 ...
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