原文:构建进化树——bootstrap tests

bootstrap检验是什么 bootstrap检验即自举法检验,就是放回式抽样统计法,通过对数据集多次重复取样,构建多个进化树,用来检查给定树的分枝可信度。 自举检验 bootstrapping 介绍 基因树是对一组序列进化关系真实模式的一个估计. 说基因树是一种估计,是因为在置换数目上存在随机变异,因而真实的基因树是未知的. 可以料到,在基因树中,短的分支比长的分支不可靠. 那么可用什么标准来 ...

2020-04-30 19:29 0 825 推荐指数:

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根据VCF构建进化树

VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件进行简单使用 操作 得到的结果如下所示 3 构建树 在线构建 上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0。上传以后,选择Data type为Distance ...

Mon Jan 11 04:59:00 CST 2021 0 510
使用 PhyML 构建进化树

1. PhyML 简介 使用 PhyML 构建最大似然。参考文献:New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...

Sat Jun 06 01:32:00 CST 2020 0 1574
序列比对和构建进化树(clustalw和phylip)

安装clustalw很简单,不提了。 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1、输入 ./clustalw2 进入交互模式     2、选择1 并输入文件名字 ...

Mon Dec 17 00:48:00 CST 2018 0 1713
利用MEGA-X选择模型及构建美化进化树

对于经常构建进化树的朋友来说,MEGA应该是个老朋友了。MEGA从1993年的第一个版本问世一直锤炼到去年刚刚发布的MEGA-X,已经经历了26年,在这期间,MEGA共更新八个版本,先后在Molecular Biology and Evolution、Bioinformatics、Computer ...

Sun Mar 08 12:23:00 CST 2020 0 9120
系统进化树-原理介绍及软件使用

--系统进化树-原理介绍及软件使用-- 引自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html 什么叫系统进化? 系统发生分析一般是建立在分子钟基础上的。分子钟:分子序列进化是按照一恒定速率进行的,所以积累突变的数量 ...

Sat Mar 26 01:05:00 CST 2016 0 10338
 
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