可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件。即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform)。这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录 ...
本次分享一篇今年 月才发表于Nature Methods的基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的方法比较的文章, Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single cell transcriptomic data ,对应代码repo:https: github.com murali group BEE ...
2020-04-26 21:12 0 1270 推荐指数:
可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件。即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform)。这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录 ...
自从2009年单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技术首次问世,至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。在过去的十年里,单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展,从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况,可以更精准的开展 ...
From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 单细胞测序主要涉及单细胞基因组测序和转录组测序两个方面,分别针对单细胞DNA及RNA进行序列分析和比较。单细胞测序一直是科学家关注的一个热点。单细胞基因组测序目前主要有两种扩增方法 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...
GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基于树的集成学习算法,来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE3末尾的3并不是指GENIE的第三版本,而是因为通过法语口音来发音的话 ...
实验室马上要开始做heart的单细胞空间转录组,需要提前了解一下基本的data。 废话不多说,先把示例数据和教程跑一遍,找找感觉。 参考:Seurat4.0系列教程22:空间转录组的分析、可视化与整合 样本制备 - 获取高质量数据的前提 参考 ...
单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里,高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域,极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录 ...
这么多工具和基因组版本,选择困难症犯了,到底用哪个好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus ...