原文:R语言绘图——层次聚类图及树状图添加side bar

聚类分析作图往往包含热图 heatmap 和树状图 dendrogram 。热图用来展示每个样本点数值大小和聚集模式。树状图用来表示样本之间以及变量之间的距离远近 或者相似性大小 。R官网目前提供了至少 个可以绘制热图的包 packages ,其中比较常见的 可以添加行列注释信息条的聚类作图包有pheatmap gplots等等。以下简单介绍一下对热图 heatmap 和树状图 dendrogra ...

2020-04-19 21:55 0 2846 推荐指数:

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R语言绘图——给树状的标签赋予不同颜色

R包dendextend是一个树状绘图的综合工具,它提供了一系列的调整树状的图形参数,如颜色,大小以及分支类型、节点和标签等,能用来可视化和比较树状。接下来简单介绍其赋予不同样本(或标签)不同颜色的功能。 不同标签,不同颜色 同一类别,同一颜色 有时候想直观地看看同一类别是否聚 ...

Mon Apr 27 05:46:00 CST 2020 0 1730
R语言聚类(划分、层次

R语言聚类 K划分 1、 随机生成3个簇点 > c1=cbind(rnorm(20,2,1),rnorm(20,2,1)) > c2=cbind(rnorm(20,3,2),rnorm(20,15,3)) > c3=cbind(rnorm(20,20,2),rnorm ...

Sat May 10 06:50:00 CST 2014 0 2802
R语言画棒状bar chart)和误差棒(error bar

假设我们现在有CC,CG,GG三种基因型及三种基因型对应的表型,我们现在想要画出不同的基因型对应表型的棒状及误差棒。整个命令最重要的就是最后一句了,用arrows函数画误差棒。用到的R语言如下: data<-read.csv("E:/model/data.csv",sep ...

Thu Jan 19 01:04:00 CST 2017 0 1758
python 凝聚聚类树状

1、脚本 2、聚类过程的示意树状 3、按语 此树状的底部显示的是数据点,这些数据点作为叶节点最终形成一棵聚类树,每合并两个两个簇就生成一个父节点。 ...

Fri Jan 31 06:28:00 CST 2020 0 1456
聚类分析树状的初探

参考官方文档:https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/index.html   此次使用聚类分析是因为文章需要,然后参考官方文档简单制作满足分析要求的树状。   因为到时候在A4纸上需要把三个排版一下,所以在输出的时候就把图片设置的比较 ...

Wed Mar 06 01:26:00 CST 2019 0 817
15、R语言聚类树的绘图原理

  聚类广泛用于数据分析。去年研究了一下R语言聚类树的绘图原理。以芯片分析为例,我们来给一些样品做聚类分析。聚类的方法有很多种,我们选择Pearson距离、ward方法。 选择的样品有: R语言代码实现Pearson聚类R语言作图 ...

Fri May 22 23:26:00 CST 2015 0 3734
 
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