manta基因的somaticSV体细胞变异染色体结构变异

# manta # 想要获得somatic的SV变异,所以使用了manta软件 # 安装: # 千万不要去github下载源代码安装!!!本人安装了两整天没装好,简直怀疑人生,果断弃坑!! # 划重点:使用conda安装 ...

Wed Apr 15 00:51:00 CST 2020 0 1002
vcf文件(call variants得来的)怎么看变异是纯合还是杂合的

如下图片所示: 对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C 想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是否同时发生了变异,则看GT,GT对应的数值为0/1,说明该变异为杂合; 如果GT对应的数值为0/0,说明该变异为纯合。 ...

Mon Jun 26 02:15:00 CST 2017 0 1309
基因染色体定位

1.基因染色体定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一个 文件准备: ①染色体长度信息 ②基因位置信息 #①:染色体长度文件基因组序列提取每条染色体的长度信息,结果是NC_开头的基因组编号,不是染色体号 记录 ...

Fri Dec 10 18:58:00 CST 2021 0 4019
细胞,染色体,DNA与基因的关系

资料来源: 细胞、染色体、DNA和基因的关系 细胞核中包含染色体,人体共有23对染色体(22+XY/XX),染色体由DNA组成,DNA是由互补碱基对组成的双螺旋结构,DNA链中只有一部分信息可以编码为蛋白质,这些蛋白质是构成细胞和组织最小的组成成分,这些有效编码的部分称为gene,而不能有效编码 ...

Wed Jun 24 23:40:00 CST 2020 0 2646
利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型(genotype)定相(phasing):查看两个突变是否来源于同一条链(染色体或父本或母本),two mutations carried by the same read

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走。 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam)。 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g ...

Thu Jun 21 00:38:00 CST 2018 0 1915
如何快速将参考基因组拆分为各条染色体序列?

目录 需求 方法一 方法二 需求 客户反映,完整的基因组太大打不开,要我将之按各条染色体和scaffold拆分。如何快速实现? 方法一 借助工具: 方法二 自己写脚本:split.pl 运行:perl split.pl ...

Thu Apr 29 01:05:00 CST 2021 0 314
如何根据fasta快速统计基因组大小及其各染色体长度?

基因组长度 利用seqkit统计长度 结果如下: sum_len总长度 各条染色体 利用pyfaidx 或者利用samtools建立的索引 结果 这里把gap也算进去了。如果不想统计,就自己写个脚本吧。 https://pypi.org/project ...

Fri May 28 22:13:00 CST 2021 0 2451
 
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