原文:manta,基因的somaticSV体细胞变异之染色体结构变异

manta 想要获得somatic的SV变异,所以使用了manta软件 安装: 千万不要去github下载源代码安装 本人安装了两整天没装好,简直怀疑人生,果断弃坑 划重点:使用conda安装 使用: 脚本内容: 成对样品分析: 肿瘤 正常 肿瘤单样品分析: 结果说明详见官方文档,这里给出链接: https: github.com Illumina manta blob master docs ...

2020-04-14 16:51 0 1002 推荐指数:

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细胞染色体,DNA与基因的关系

资料来源: 细胞染色体、DNA和基因的关系 细胞核中包含染色体,人体共有23对染色体(22+XY/XX),染色体由DNA组成,DNA是由互补碱基对组成的双螺旋结构,DNA链中只有一部分信息可以编码为蛋白质,这些蛋白质是构成细胞和组织最小的组成成分,这些有效编码的部分称为gene,而不能有效编码 ...

Wed Jun 24 23:40:00 CST 2020 0 2646
基因染色体定位

1.基因染色体定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一个 文件准备: ①染色体长度信息 ②基因位置信息 #①:染色体长度文件 用基因组序列提取每条染色体的长度信息,结果是NC_开头的基因组编号,不是染色体号 记录 ...

Fri Dec 10 18:58:00 CST 2021 0 4019
如何快速将参考基因组拆分为各条染色体序列?

目录 需求 方法一 方法二 需求 客户反映,完整的基因组太大打不开,要我将之按各条染色体和scaffold拆分。如何快速实现? 方法一 借助工具: 方法二 自己写脚本:split.pl 运行:perl split.pl ...

Thu Apr 29 01:05:00 CST 2021 0 314
基于全基因组测序数据鉴定结构变异的四大类算法总结

不同类型的基因变异示意图(图片来源:labspaces) 上次给大家总结介绍了基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的鉴定方法,今天给大家介绍结构变异(structural variations,SV ...

Tue Sep 24 19:31:00 CST 2019 0 503
3D-DNA 挂载染色体

3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平。其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C ...

Fri Apr 24 03:37:00 CST 2020 0 2677
对性染色体进行关联分析

欢迎来到"bio生物信息"的世界 1 前言 早期的研究普遍只做常染色体的全基因组关联分析,很少做性染色体的。 主要原因是性染色体的遗传模式比较复杂,存在X染色体失活,而且男女效应值不大一样。 其次,也不是所有的表型都是男女有差异的。 再然后,也没有很好的工具计算性染色体的关联分析 ...

Tue Nov 19 04:26:00 CST 2019 0 297
 
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