基因组学技术新进展与展望 于军 任鲁风 王绪敏 (中国科学院北京基因组研究所) 近十年来,由“下一代测序(next generation sequencing; NGS)”技术引领的基因组科学与技术正在一个空前的高速度推动下迅猛发展。这个发展势头的加速度之高,其研究成果 ...
同源基因的查找 OrthoMCL or Orthofinder 多序列比对 Muscle MAFFT ClustalW T coffee, Muscle 效果好点 调取保守区域,并收尾连接,形成supergene Gblocks 进化树构建 RaxML MEGA 等, 很多文献用RaxML,PhyML或Mrbayes,因为ML树和贝叶斯进化树对核苷酸 氨基酸替代模型的选择非常敏感,故在进行进化树 ...
2020-04-11 10:26 0 3277 推荐指数:
基因组学技术新进展与展望 于军 任鲁风 王绪敏 (中国科学院北京基因组研究所) 近十年来,由“下一代测序(next generation sequencing; NGS)”技术引领的基因组科学与技术正在一个空前的高速度推动下迅猛发展。这个发展势头的加速度之高,其研究成果 ...
本文默认读者有一定的生信基础,没有基础的可以阅读以前的笔记内容。 ============================================================ con ...
描述 MetaPhlAn是分析从物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落(细菌,古细菌,真核细胞和病毒)的组成的计算工具。从版本2.0,MetaPhlAn还能够确定具体的菌株(在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下),并跟踪跨越样品菌株的所有物种。 MetaPhlAn 2依靠 ...
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...
参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...
VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件进行简单使用 操作 得到的结果如下所示 3 构建树 在线构建 上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0。上传以后,选择Data type为Distance ...
一小部分进行测试: 3、参考 下面文章进行 构建进化树 https://z ...
植物vs动物总结版: 简述高等植物基因组(可以以拟南芥和水稻基因组为例)与高等动物基因组(可以以人类、果蝇等基因组为例)在基因结构层面展示出来的基本差异。 高等植物基因组与高等动物基因组在基因结构上的基本差异主要是生命组学的第一困境,即复制-转录负载困境。 机制: 1.从平衡流 ...