一、芯片数据 此次拿到的illumina芯片数据并不是原始的数据，已经经过GenomeStudio软件处理成了finalreport文件，格式如下： 之前没处理过芯片数据，对于这种编码模式（Forward，top AB）的基因型数据很疑惑，查了很多资料，收效甚微。看过建明大神对芯片这块 ...

在合并数据过程当中，经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的，这是一件很头疼的事。 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢。 举个最简单的例子，假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数据。那么存在以下几种可能：1）小明的基因型数据统一好正链或者负链；2）小红的基因型数据统一 ...

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求： 我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh ...

这篇应该是甲基化QC的最后一篇啦。 感谢健明带入门。 我前面已经写完两篇： QC1:甲基化数据QC：使用甲基化数据计算样本间的相关性 QC2:甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型（ewastools工具） 下面补充一下对甲基化样本和CpG位点QC的总流程： 1、导入、加载 ...

首先，进入NCBI的主页网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后，在下图红色框框位置输入目的SNP，比如rs608139 输完后，出现如下结果，箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置，即p21，由于该SNP在2号染色体 ...

一、DNA甲基化简介 1 、概念：DNA甲基化是一种重要的表观遗传，是指DNA被化学小分子修饰的一种方式，即甲基（-CH3）共价结合到脱氧核糖核苷酸上，可以不改变脱氧核糖核苷酸序列而引起基因表达的的改变。 2 、发生位点：真核生物常见的甲基化位点有CpG（最主要）、CHG（H指A/T/C ...

。 在哺乳动物中，DNA甲基化对于正常发育必不可少，而且与很多生物学现象有密切联系，包括基因组印迹，X染 ...

看文献的时候，发现了g:Profiler这个宝藏工具，测试了一下，使用起来超级方便、好用，一定要分享给大家~ g:Profiler网址： https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 下面具体讲一下该网站的功能。 1、GO 功能富集分析 功能富集分析包括：Gene ...