目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是 AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq ...

Augustus的安装和使用参数 AUGUSTUS is a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences. 1. Augustus的安装 Augustus下载：http ...

注释过程：这一步一般都需要手动去鉴定和校正，当然也可以利用一些软件来校正，运用这类过程的 软件 JIGSAW、 EVidenceModeler (EVM)和 GLEAN (以及后续软件 Evigan) 。 通过估计每一个来源的基因证据误差的类型和频率, 进而选择误差最小 ...

很多时候，我们需要对取出的SNV进行注释，这个时候可能会在R上进行注释，通常注释文件都含有Chr(染色体)、Start(开始位点)、End(结束位点)、Description（描述），而我们的SNV文件通常是拥有Position（位置），因此我们可以先定位Chr，再用Postion去定位 ...

来自：https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。 在使用软件之前，有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组。目前随着三代 ...

基因组注释主要包括四个研究方向：重复序列的识别；非编码RNA的预测；基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义：重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列 ...

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具，使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquit ...

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 ...