原文:全基因组测序及数据分析基础

华大的春季培训课程之一:https: ke.qq.com course taid ,我认为讲得很好,介绍全面而详细,加了一些个人经验 侵删 。 流程众多,对于结果会有一些差异,尤其是对低频变异。如果很关注低频位点,可多种几款流程比较。 实际上SV结果中会包含CNV,但往往会把CNV单独拿出来分析。 注:SOAPnuke的f和r参数不要写反,即正反链。 红框:群call步骤。 二代短reads对于S ...

2020-03-28 23:49 0 908 推荐指数:

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基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》学习笔记

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA,检测并排列,此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说,基因组测序的价值是极大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性,当然也意味着更大的数据解读 ...

Tue Jun 29 19:59:00 CST 2021 0 161
基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》学习笔记WGS

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA,检测并排列,此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说,基因组测序的价值是极大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性,当然也意味着更大的数据解读 ...

Fri Jul 02 02:01:00 CST 2021 0 204
【3】肿瘤基因组数据分析方法概述

目录 肿瘤基因组分析 肿瘤标准分析 高级分析 肿瘤数据库 肿瘤基因组分析 肿瘤进化过程 基本概念:germline/somatic/driver/passenger mutation 二次打击学说:生殖突变+体细胞突变 主要 ...

Tue Aug 25 17:46:00 CST 2020 0 948
基因组数据分析原始数据到变异数据(Fastq->VCF)

WGS数据分析目的:检测出每个样本基因组中的变异集合(不同样本中的差异序列)WGS数据分析流程分为三步:原始数据质控 -> 数据预处理 -> 变异检测1.原始数据质控阶段:拿到原始测序数据 -> QC过滤低质量的read数据2.数据预处理阶段:read比对 -> sort ...

Sat May 30 06:20:00 CST 2020 0 771
基因组测序基础及高级分析知识汇总

基因组测序基础及高级分析知识汇总 oddxix 已关注 2018.09.20 17:04 字数 11355 阅读 212评论 0喜欢 6 转自:http://www.360doc.com/content/18/0208/11 ...

Sat Oct 20 03:46:00 CST 2018 0 3378
一个基因组测序分析实战

Original 2017-06-08 曾健明 生信技能树 这里选取的是 GATK best practice 是目前认可度最高的基因组测序分析流程,尤其适用于 人类研究。 PS:其实本文应该属于直播我的基因组系列,有两个原因把它单独拿出来 ...

Sun Jul 02 07:49:00 CST 2017 0 10268
PacBio基因组测序和组装

PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中基因组测序应该是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
基因组测序分析

基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
 
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