原文:tabix 操作VCF文件

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式。 下载地址: 由于snp数量多,所以vcf文件也非常大,常见做法用bgzip进行压缩 压缩之后,原本的view.vcf文件就变成了view.vcf.gz文件。压缩后缀为.gz, 如果想要解压缩,有以下两种用法 需要注意的是,两种算法虽然有相似之处,但是还是有本质区别的, ...

2020-03-25 20:50 0 3929 推荐指数:

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bcftools合并vcf文件

见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz   参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...

Fri Jul 06 23:10:00 CST 2018 5 1305
vcards(vcf)文件转Excel

有一个安卓手机导出的通讯录文件是.vcf格式的,想把这里面的联系人都提取出来,转换成Excel表格,网上有转换工具,不过吧是收费的, 看了一下Vcf文件还是很有规律的,感觉使用Io流读取信息,然后生成Excel问题还是不大的,我这里只提取了简单的名字和手机号码,应该可以有更多的信息 比如联系地址 ...

Thu Feb 06 20:43:00 CST 2020 0 2666
【BCFTOOLS】按样本拆分VCF文件

在对vcf操作有这样三个软件: 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: 这里面三个参数: 就可以完成了。 ...

Fri Jul 13 18:05:00 CST 2018 0 1418
【Bcftools】合并不同sample的vcf文件,通过bcftools

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行 ...

Fri Jul 13 23:07:00 CST 2018 0 4474
利用vcftools比较两个vcf文件

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息 ...

Thu Dec 12 04:27:00 CST 2019 0 342
 
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