原文:【宏蛋白质组】搜库工具简介与评估

宏蛋白质组数据分析相对较难,不同于常规蛋白质组分析,因为数据库太大,无法直接进行搜库匹配,需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何,还需要测试。 .ProteoStorm 发表:ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics Database Search Framework Github:https: github.com miin ...

2020-03-19 23:00 0 1015 推荐指数:

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【4】蛋白质学鉴定软件之MSGFPlus

目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的,2008年初次发表JPR,2014年升级发表NC,免费开源,持续更新维护,良心软件。而且,有研究者对不同蛋白质学鉴定软件进行比较分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
蛋白质学实验设计、质控与分析

1. 实验设计与技术路线 (1) 常用流程 流程 说明 1.材料收集 细胞、细胞上清、组织、血浆、血清、脑脊液、外泌体、尿液...... 2.定量技术 蛋白组:iTRAQ/TMT ...

Thu Jan 16 05:19:00 CST 2020 0 2942
Diamond软件比对蛋白质数据库

参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny ...

Thu Feb 01 01:56:00 CST 2018 0 1231
【5】蛋白质学鉴定定量软件之PD

目录 1.简介 2.安装与配置 3.分析流程 4.结果 1.简介 PD全称Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件,没错,收费,还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据 ...

Sat Aug 29 05:33:00 CST 2020 0 1961
【6】蛋白质学鉴定定量软件之MaxQuant

目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt ...

Sat Aug 29 07:48:00 CST 2020 1 7725
蛋白质学数据的缺失值填充

缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎,蛋白质学也不例外,简单记录下,可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源:完全随机缺失(MCAR,如质谱仪抖动,对数据影响无偏好性,均一分布),随机缺失(MAR,依赖于其他观测变量,如时间梯度越长采集越可能出现缺失值),非随机缺失 ...

Sun Jul 19 06:17:00 CST 2020 0 1347
蛋白质学数据分析——(1)原理

当前,关于高通量蛋白质学的研究远不如NGS这般火热,网上关于这方面的知识也寥寥无几,从事这一行也有一段时间了,但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训,所以是时候把知识点总结一下,权当复习。当然整个蛋白质学研究也算纷繁复杂,不可能面面俱到,而且很多东西我也在学习当中,肯定会出现不少纰漏 ...

Thu Jul 18 06:59:00 CST 2019 1 9679
 
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