原文:python版的MCScan绘图

最近发现了python版的MCScan,是个大宝藏。由于走了不少弯路,终于画出美图,赶紧记录下来。 github地址https: github.com tanghaibao jcvi wiki MCscan Python version 软件安装 输入数据 gff文件转bed格式 获取cds pep序列 小知识:也可以根据gff文件,基因组ref.fa文件中直接调取cds,和pep序列 共线性分析 ...

2020-03-19 16:57 0 3370 推荐指数:

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共线性分析-MCscan - python (jcvi)

本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下。 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3本,本模块 ...

Wed Nov 04 02:22:00 CST 2020 0 1067
生物信息-McScanPython-jcvi)共线性画图

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的。 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。 本文主要介绍的是唐老师的PythonMcScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散。 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要 ...

Sun Oct 18 05:39:00 CST 2020 0 4075
Python——绘图

1、保存图片。 一、创建画布 1、创建画布和坐标轴 在Matplotlib中,plt.figure类可以看做一个能够容纳各种坐标轴、图形、文字和标签的容器。plt.Axes类是一个 ...

Mon Oct 21 08:51:00 CST 2019 0 442
Python绘图

各位工程师累了吗? 推荐一篇可以让你技术能力达到出神入化的网站"持久男" 1.二维绘图 a. 一维数据集 用 Numpy ndarray 作为数据传入 ply 1. 2.操纵坐标轴和增加网格及标签的函数 3.plt.xlim 和 plt.ylim 设置每个坐标轴 ...

Sun Aug 21 17:52:00 CST 2016 1 59875
MCscan-Python-jcvi 共线性画图最后一章更新

经过几轮调试和修改,共线性图终于可以上眼了。如下: 图中红色的为目标基因,蓝色的为reference species目标基因周围15个基因,天蓝色为再往外15个基因,黄色为与refere ...

Tue Nov 17 19:56:00 CST 2020 0 585
python之海龟绘图

1. 基本功能介绍 在海龟作图中,我们可以编写指令让一个虚拟的(想象中的)海龟在屏幕上来回移动。这个海龟带着一只钢笔,我们可以让海龟无论移动到哪都使用这只钢笔来绘制线条。通过编写代码,以各种很酷的模 ...

Thu Oct 31 18:00:00 CST 2019 1 348
海龟作图---用Python绘图

一、关于Turtle “turtle是一个简单的绘图工具。它提供了一个海龟,你可以把它理解为一个机器人,只听得懂有限的指令” 操纵海龟绘图有着许多的命令,这些命令可以划分为两种:一种为运动命令,一种为画笔控制命令。 二、运动命令 forward(degree ...

Sun Apr 26 19:42:00 CST 2020 0 1474
python根据数组数据绘图

转载自网络,版权归原作者所有 hello3.txt文件内部数据如下 。。。。。。7,2,6,-12,-10,-7,-1,2,9,。。。。。。 python脚本 结果 ...

Thu Nov 07 01:11:00 CST 2019 0 1817
 
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