基因表达量表示方法 RPKM VS FPKM VS TPM
之前不是很理解这两个概念，看了本文之后就差不多理解了。 基因组学技术专题（二）：为什么说FPKM/RPKM是错的 转自：安诺基因 我们都知道RNA-seq是通过NGS技术来检测基因表达量的测序方法。在衡量基因表达量方面，若是单纯以比对到参考基因的Reads个数（我们通常称之为Count值 ...
原文：如何获得FPKM/RPKM计算需要的基因长度（考虑exon之间的overlap）
版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 这里我们跟Cufflinks的原理一致，使用总的外显子长度，并且去除过多的重叠的外显子的部分。使用R语言,输入为基因的GTF文件 包的安装 依赖data.table, IRanges,rtracklayer 代码 结果文件 基因长度文件 链接：https: pan.baidu.com s NtfM ESyNyaT kVaKu MyQ 提取码：gy 复 ...
2020-03-19 10:27 0 1890 推荐指数：
相关推荐
RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 计算对比
extremely essential的过程，因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和 ...
FPKM，RPKM，TPM和RSEM
详细见孟叔的文章。 ...
对FPKM/RPKM以及TPM的理解
对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数：559 标签： FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类： RNA-Seq ...
【生物信息】RPKM, FPKM和TPM
注：这几个名词是RNA-Seq数据分析中的基础，在此小结一下。 在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域內的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解：一个基因 ...
TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗？
TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗？ 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请 ...
转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明
在转录组测序（RNA-Seq）中，基因的表达量是我们关注的重点。基因表达量的衡量指标有：RPKM、FPKM、TPM。 RPKM：Reads Per Kilobase Million；说实话，这个英文说明真的很费解，其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million ...
计算基因组外显子长度
下载基因组外显子信心 网站 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt 运行下列代码 ...