该软件功能强大，兼容所有系统。 网站：http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ 下载，解压，安装seqkit软件，下载二进制文件较好。 一、序列操作： 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > ...

一、序列操作： 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa -r -p > ...

有时候需要个性化处理原始序列，自己写python脚本太慢，且速度太慢，可以用seqkit这个工具，开发得不错。 2021年12月02日 另一个需求：需要从Cell Ranger处理后的bam文件里提取出未比对的reads，然后再去比对到YFP序列上，确定每个细胞是否被YFP标记 ...

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列 用法： samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行 ...

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1.统计大于号开始的行数或seqkit 工具 Total sequence length 5,759,798,599 Total ungapped length 5,759,798,599 Number of contigs 1,397,492 Contig N50 9,587 Contig ...

同样的名为read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如： > ...

利用python脚本，提取指定ID名称的序列 ...