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软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析。。MCscanX有三个核心工具,以及 个下游分析工具。 软件安装 进入官网http: chibba.pgml.uga.edu mcscan tm,下载安装 软件使用 所需要文件 两个或多个物种的gff文件,蛋白序列 该软件最多能做 个物种的共线性 第一步:构建索引,进行blastp比对 ...
2020-03-17 12:54 0 3218 推荐指数:
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目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3 ...
共线性又称同线性,是一个物种的基因组中相互连锁的基因,在另一物种的基因组中也是连锁关系, 而且在两个物种的遗传图上的位置也是相同的 。 ...
本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下。 首先下载conda,并下载好python which pip ...
检验多重共线 如果发现存在多重共线性,可以采取以下处理方法。 (1)如果不关心具体的回归系数,而只关心整个方程预测被解释变量的能力,则通常可以不必理会多重共线性(假设你的整个方程是显著的)。这是因为,多重共线性的主要后果是使得对单个变量的贡献估计不准,但所有变量的整体效应仍可以较准确 ...
宏基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...
出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...
,也没有多重共线性的问题。但是对于回归算法,不论是一般回归,逻辑回归,或存活分析,都要同时考虑多个预测 ...