SNP 过滤（二）
本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质量信息（测序深度，回帖质量等）对SNP进行粗过滤。如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling，那么可以考虑下面的标准 QD< ...
原文：SNP 过滤（一）
通用过滤 Vcftools http: vcftools.sourceforge.net 对vcf文件进行过滤 第一步：过滤最低质量低于 ，次等位基因深度 minor allele count 不少于 第二步：上述结果文件raw.g mac .recode.vcf， 基于最低深度进行过滤 第三步：删除缺失率过高的样本 第四步：基于最大缺失比例，平均深度和次等位基因频率 MAF 过滤 若你的群体来此 ...
2020-03-15 21:36 0 2126 推荐指数：
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