原文:【蛋白质基因组】Proteogenomics方法介绍及分析思路

概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据 DNA 转录组数据 RNA 来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学。 蛋白质基因组学 一词由Jaffe 等于 年首次提出,作者采用串联质谱数据匹配DNA翻译得到氨基酸序列的方法,在仅有 kb 大小的细菌基因组上直接鉴定开放阅读框 open reading frame,ORF ,验证并补充 修订了约 的ORF。后来这种质谱数据结合DNA 和RNA 数据的 ...

2020-03-09 22:49 0 1302 推荐指数:

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蛋白质学实验设计、质控与分析

1. 实验设计与技术路线 (1) 常用流程 流程 说明 1.材料收集 细胞、细胞上清、组织、血浆、血清、脑脊液、外泌体、尿液...... 2.定量技术 蛋白组:iTRAQ/TMT ...

Thu Jan 16 05:19:00 CST 2020 0 2942
蛋白质学数据分析——(1)原理

当前,关于高通量蛋白质学的研究远不如NGS这般火热,网上关于这方面的知识也寥寥无几,从事这一行也有一段时间了,但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训,所以是时候把知识点总结一下,权当复习。当然整个蛋白质学研究也算纷繁复杂,不可能面面俱到,而且很多东西我也在学习当中,肯定会出现不少纰漏 ...

Thu Jul 18 06:59:00 CST 2019 1 9679
【4】蛋白质学鉴定软件之MSGFPlus

目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的,2008年初次发表JPR,2014年升级发表NC,免费开源,持续更新维护,良心软件。而且,有研究者对不同蛋白质学鉴定软件进行比较分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
蛋白质学数据分析笔记汇总

前言 之前本来打算根据自己对蛋白质学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考,没想到在网上查到别人已经做过了,而且笔记相当全面,从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及,虽然是2016-2017年的课程,但内容并未过时,对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复,但我也不想 ...

Thu Nov 07 07:24:00 CST 2019 0 2351
【5】蛋白质学鉴定定量软件之PD

目录 1.简介 2.安装与配置 3.分析流程 4.结果 1.简介 PD全称Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件,没错,收费,还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据 ...

Sat Aug 29 05:33:00 CST 2020 0 1961
【6】蛋白质学鉴定定量软件之MaxQuant

目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt ...

Sat Aug 29 07:48:00 CST 2020 1 7725
【宏蛋白质】搜库工具简介与评估

蛋白质数据分析相对较难,不同于常规蛋白质分析,因为数据库太大,无法直接进行搜库匹配,需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何,还需要测试。 1.ProteoStorm 发表:ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics ...

Fri Mar 20 07:00:00 CST 2020 0 1015
 
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