原文:BED文件格式

bed文件 browse extensive data 以及gff文件 general fearture format bed文件 第一列是染色体或者contig信息。 第二列是起始位置,从 开始。 第三列是终止位置。 第四列是bed列的名字。 第五列是score。 第六列是链方向。 第七列是基因起始。 第八列是基因终止。 第九列是RGB值。 第十列是外显子数量。 第十一列是外显子大小。 第十二列 ...

2020-03-09 16:08 0 1004 推荐指数:

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BED文件格式

BED 文件格式 BED 文件格式是一个可变方式的数据线,用来描述注释的数据。BED线有3个要求的字段和9个额外的字段。每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。可选字段的序试结合低数字的字段必须流行如果高位字段被使用。 首先是三个要求的BED字段 chrom ...

Thu Aug 30 17:56:00 CST 2012 0 3336
bed文件格式解读

1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致(见下图)。 每条线的字段 ...

Sun Aug 19 19:43:00 CST 2018 0 811
生信文件格式-BED文件

BED文件格式 注释文件就是基因组的说明书。告诉我们哪些序列是编码蛋白的基因,哪些是非编码基因,外显子、内含子、UTR等的位置等等。注释文件在以下三个提供参考基因组的网站中都有提供,比如Ensemble、NCBI 、UCSC。但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode ...

Mon Jun 22 23:56:00 CST 2020 0 580
bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算

我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq ...

Sun Mar 25 12:16:00 CST 2018 0 3738
plink:ped格式转换为bed格式

命令行如下: plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME   第一个FILENAME的后缀为.ped和.map,生成的第二个FILENAME的后缀为.bed、.bim、.fam 参考链接: https ...

Mon May 07 01:19:00 CST 2018 0 1030
根据bed文件从fasta文件中获取基因序列

第一次写博客,分享一个做的提取基因序列的程序,根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列 源码地址:https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用来保存注释基因信息,BED文件必须的3列 ...

Wed Nov 21 02:53:00 CST 2018 0 1142
 
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