比对软件Blast，Blast+，Diamond比较
1. Blast （1）格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数： -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F - nucleotide）/蛋白质序列数据库（T – protein ...
原文：blast原理
blast的原理就是将想要明确注释的sequence 这个sequence就是query 先打断，即一条sequence变成多条sub sequence sub sequence也就是word ，然后拿这些sub sequence与数据库中的序列比较 数据库中的序列是已经注释过的 ，然后将这些word向两边延展，延展方式是将单个word 就是图中黄色的线 对应的sequence 就是图中黑色的线 ...
2020-03-08 16:09 0 1129 推荐指数：
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blast及其格式输出简介
1）blast产生背景 双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，虽然精度高，但计算消耗大。当与数据库比对的时候，该算法就显得不切实际。因此TASTA，blast采用启发式算法 ...
blast命令解释
原文链接：http://blog.csdn.net/bangemantou/article/details/7726585 Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够 ...
blast的本地简单运行
一、软件配置 curl -O ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz tar zxvf ...
20、BLAST比对及结果介绍
1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/c ...
blast+安装及简单使用
软件下载 BLAST+的一般用法如下： 格式化数据库 参数说明: -in：待格式化的序列文件 -dbtype：数据库类型，prot或nucl -out：数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库（blastp） 参数说明: -query： 输入文件路径及文件名 -out：输出文件路径 ...
Linux下BLAST+的本地化（BLAST 2.2.29+）
链接：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST ...
ncbi-blast 本地安装
详见：http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者（最好还是懂得基本的linux使用），高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法 ...