原文:用blastall进行序列比对

用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如: p i d o e等几个。 p: 执行的程序名称 d: 搜索的数据库名称 i : 要查询的序列文件名 Query File e: 数学 期望值 Expectation value ,E值是个统计阈值,缺省值 , 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于 ...

2020-03-06 10:38 0 698 推荐指数:

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MAFFT 进行序列比对

;ClustalW)。因此,推荐使用 MAFFT 软件进行序列比对。 安装 ...

Mon Dec 30 03:01:00 CST 2019 0 2962
megacc的进行序列比对

1.软件的安装: 网站:http://www.megasoftware.net/ windows上安装,下载windows-command line(cc)版本的,格式为zip,解压之后,里面有两 ...

Fri Dec 22 03:59:00 CST 2017 0 1842
muscle 软件进行序列比对

今天在使用muscle 软件进行序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap ...

Tue Jun 27 22:20:00 CST 2017 0 2409
用blast blastn进行序列的搜索(比对

blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越 ...

Tue May 18 01:25:00 CST 2021 0 1893
序列比对

文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对(或多序列联配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多条(3 条或以上)有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对,尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
Mega-序列比对

Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...

Thu Mar 05 21:09:00 CST 2020 0 2365
序列比对&建树

目录 目标物种和序列 相关Seq列表 多序列比对的原理和方法 相关的工具 建树的几种方法 实际操作 Muscle&ClustalW 可视化 ...

Mon Apr 06 09:05:00 CST 2020 0 669
 
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