就基因家族工作做一简单介绍 基本思路 数据准备 确定好研究的基因家族后（比如：NBS，MADS-box etc.），下面就可以下载相关数据。 所研究物种的基因组序列； genome.fa 所研究物种蛋白序列；pep.fa 所研究物种gff文件 目标基因家族 ...

，这一套下来，基本的基因分析软件都安装好了。 包括两两比对软件：blast，diamond。# ...

1. 数据库的配置 OrthoMCL的分析需要先行建立mysql账户并建立相应的数据库。关于mysql ...

套路 这通常就是基因组组装后的必做分析，通过比较基因组学的手段进行分析，可以知道所研究物种在进化过程中哪些核心基因家族发生了变化，从而导致了其特殊的适应性机制的形成。 参考： Extremotolerant tardigrade genome and improved ...

　　在进化过程中，新基因通常来自事先存在的基因，新基因的功能从先前基因的功能进化而来。新基因的原材料 来自基因组区域的重复，这种重复可包括一个或多个基因。 　　作为物种形成的伴随事件而被重复，并继续保持相同功能的基因，称为直系同源基因（orthologous gene）。 新的基因功能可由 ...

看文献的时候，发现了g:Profiler这个宝藏工具，测试了一下，使用起来超级方便、好用，一定要分享给大家~ g:Profiler网址： https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 下面具体讲一下该网站的功能。 1、GO 功能富集分析 功能富集分析包括：Gene ...

通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时候我们都需要设定e-value值。今天我们来学习一下利用HMMER来鉴定基因家族成员。 1 、利用软件HMMER进行模型搜索，软件官网：http ...

在研究两对基因的杂交的时候，往往会遇到不完全遵循孟德尔遗传分离比的情况，甚至有极其明显的差距。因此，我们在解答问题或研究时应该注意连锁现象。 1.连锁 　　在此我们以玉米为例作为研究对象研究。 　　why？：1）可观察性状较多。2）同一株有较多种子，便于计数分析。3）雌雄 ...