原文:miRNA预测工具miRDeep-P2

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep p , 也叫miRDP 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie , Vienna RNA二级结构预测软件大礼包 安装以上软件以后,在mirdp 下载最新版的miRDP ,以及ncRNA rfam.tar.g tar xf miRDP v . . .tar mv . . miRDP v ...

2020-02-17 16:28 2 1550 推荐指数:

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5、预测和鉴定miRNA的靶基因

转载:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自从被发现以来,一直备受关注 ...

Tue Sep 12 19:50:00 CST 2017 0 8802
miRNA结合位点预测软件miRanda的使用教程

miRanda的介绍 miRanda 是由著名的 Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的,用于预测 miRNA 与其靶基因互作的结合位点。 miRanda 主要强调 miRNA 与靶基因连接位点的进化保守性,亦偏重于以 miRNA 的5′ 端序列搜索靶基因 ...

Wed Dec 18 06:45:00 CST 2019 2 11999
miRNA结合位点预测软件RNAhybrid的使用教程

RNAhybrid的介绍 RNAhybrid是Behmsmeier M等基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间形成二聚体,根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。尽管随着靶基因序列长度增加,运算 ...

Mon Dec 30 00:25:00 CST 2019 0 7070
miRNA 综述文章

最近由于看基因组文章看的有点兴奋,于是返了个场,学习下micRNA。 下载了一篇自己捯饬的paper,啃了很久还是不是很明白,然后我突然看了一个单词,vivo,原来只以为vivo就是手机只能照亮你的 ...

Wed Jan 18 23:54:00 CST 2017 0 1570
miRDeep2 学习及安装篇

一、mirDeep2安装 下载和解压 wget http://mdc.helmholtz.de/38350089/en/research/research_teams/systems_biology_of_gene_regulatory_elements ...

Tue Mar 11 21:03:00 CST 2014 1 4616
miRNA分析--数据过滤(一)

miRNA 数据过滤我使用cutadapt 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa --discard-untrimmed 把reads中不含 ...

Sun Jan 05 04:32:00 CST 2020 0 707
miRNA分析--比对(二)

miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号; x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1、根据本物种已有 ...

Sun Jan 05 05:38:00 CST 2020 1 2159
 
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