往NCBI上上传数据: 1.注册并登陆NCBI,点击主页的submit选项 2.创建bioproject,以及biosample号 (Bioproject: Bioproject是一个项目的编号,在文章发表的时候,读者需要通过这个号来找到你文章中的数据存放到哪里去了,因此,在投稿之前 ...
FileZilla软件下载网址:https: www.filezilla.cn 账号设置:协议 FTP文件传输协议,加密 只使用普通FTP 不安全 ,登录类型 询问密码,进入NCBI指定文件夹,上传数据。 来源: http: blog.sciencenet.cn blog .html ...
2020-01-15 09:13 0 1695 推荐指数:
往NCBI上上传数据: 1.注册并登陆NCBI,点击主页的submit选项 2.创建bioproject,以及biosample号 (Bioproject: Bioproject是一个项目的编号,在文章发表的时候,读者需要通过这个号来找到你文章中的数据存放到哪里去了,因此,在投稿之前 ...
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 ...
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间 ...
1、prefetch SRRxxxxxx ~/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据 ...
从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...
如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size ...
今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续 ...
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ)。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA ...