原文:miRNA分析--靶基因预测(三)

miRNA分析 数据过滤 一 miRNA分析 比对 二 根据miRNA Target Prediction in Plants, miRNA并非所有区域都要求严格匹配,其中第 位碱基和第 位以后的碱基是允许错配 以miRNA 为始 。 miRNA 文件提交不管是U或者T都是可以的 miRNA 靶基因预测我采用了 个工具 psRNATarget: A plant Samll RNA Target A ...

2020-01-04 21:46 0 2391 推荐指数:

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5、预测和鉴定miRNA基因

转载:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自从被发现以来,一直备受关注 ...

Tue Sep 12 19:50:00 CST 2017 0 8802
HOMER | MEME | 转录因子的基因预测 | motif富集分析

转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对 ...

Wed Apr 17 20:49:00 CST 2019 0 4103
联合使用PrediXcan、MetaXcan基于GWAS结果预测基因及特异性组织的表达(又名全转录组分析Transcriptome-Wide AnalysisS)

PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因,弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程: 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan ...

Sat Jun 20 05:26:00 CST 2020 4 1376
miRNA分析--数据过滤(一)

miRNA 数据过滤我使用cutadapt 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa --discard-untrimmed 把reads中不含 ...

Sun Jan 05 04:32:00 CST 2020 0 707
miRNA分析--比对(二)

miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号; x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1、根据本物种已有 ...

Sun Jan 05 05:38:00 CST 2020 1 2159
miRNA预测工具miRDeep-P2

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装   在此之前,应安装一下软件   Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后 ...

Tue Feb 18 00:28:00 CST 2020 2 1550
基于PASA进行基因预测

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool tha ...

Tue Mar 10 23:39:00 CST 2020 0 2124
 
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