原文:miRNA分析--数据过滤(一)

miRNA 数据过滤我使用cutadapt cutadapt a AGATCGGAAGAGCACACGTCT m q discard untrimmed o outname .fa discard untrimmed 把reads中不含有adaper的reads去掉 a剪切reads 端adapter 双端测序第一条read ,加 表示adapter锚定在reads 端可找公司要 g剪切read ...

2020-01-04 20:32 0 707 推荐指数:

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miRNA分析--比对(二)

miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号; x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1、根据本物种已有 ...

Sun Jan 05 05:38:00 CST 2020 1 2159
miRNA分析--靶基因预测(三)

miRNA分析--数据过滤(一) miRNA分析--比对(二) 根据miRNA Target Prediction in Plants, miRNA并非所有区域都要求严格匹配,其中第1位碱基和第14位以后的碱基是允许错配(以miRNA 5'为始)。 miRNA 文件提交不管是U ...

Sun Jan 05 05:46:00 CST 2020 0 2391
miRNA几大常用的数据

1.miRbasehttp://www.mirbase.org/2.miRDBhttp://www.mirdb.org/miRDB/policy.html3.miRandahttp://www.mic ...

Mon Feb 13 21:41:00 CST 2017 0 7912
过滤分析数据

前面都是讲解如何获取适配器信息以及捕获数据包,从这一节开始讲一下WinPcap中更强大的一些特性。本节主要讲一下如何利用WinPcap来过滤数据包。在WinPcap中用来过滤数据包的函数有两个,pcap_compile()和pcap_setfilter()。pcap_compile ...

Mon Mar 12 04:12:00 CST 2012 1 6968
通过logstash过滤分析日志数据

logstash是怎么工作的呢?   Logstash是一个开源的、服务端的数据处理pipeline(管道),它可以接收多个源的数据、然后对它们进行转换、最终将它们发送到指定类型的目的地。Logstash是通过插件机制实现各种功能的,读者可以在https://github.com ...

Tue Jan 22 19:34:00 CST 2019 0 4809
miRNA 综述文章

最近由于看基因组文章看的有点兴奋,于是返了个场,学习下micRNA。 下载了一篇自己捯饬的paper,啃了很久还是不是很明白,然后我突然看了一个单词,vivo,原来只以为vivo就是手机只能照亮你的 ...

Wed Jan 18 23:54:00 CST 2017 0 1570
 
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