原文:PAML 选择压力的计算

简介 PAML Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood 是伦敦大学的杨子恒 Yang Ziheng 教 授开发的一套基于最大似然估计来对蛋白质和核酸序列进行系统发育分析的软件,对学术使用是 免费的。杨子恒教授维护和发布PAML在UNIX Linux MAC OS X平台下的ANSI C的源程序和MS Windows下的可执行文件。 PAML可实现系 ...

2019-12-31 20:53 0 1126 推荐指数:

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paml选择分析

自然选择是五种遗传力(突变、重组、选择、基因流、漂变)之一,选择压力分析更是进化分析中不可或缺的一项重要内容。 自然选择的检测 非同义替代与同义替换的比值,即:ω 值,也就是通常所说的dN/dS(或Ka/Ks)。 (1)当ω =1时,中性进化 (Neutral ...

Tue Aug 04 23:25:00 CST 2020 0 3143
通过PAML中的CODEML模块计算dnds的过程以及踩坑

最近帮女朋友做毕业设计的时候用到了 PAML这个软件的codeml功能,发现网上相关的资料很少,于是把自己踩的一些坑分享一下,希望能帮到其他有相同困难的人 一、下载与安装 PAML软件下载地址 DAMBE软件下载地址 二、使用方法 首先准备好 ...

Fri May 15 22:57:00 CST 2020 0 556
kaks calculator批量计算多个基因的选择压力kaks值

欢迎来到"bio生物信息"的世界 今天给大家带来“批量计算kaks值”的技能。 关于kaks的背景知识我就不介绍了,感兴趣的自行搜索,这里直接开始讲怎么批量计算kaks值。 1 文件准备 首先准备两个文件,一个是基因的cds序列,一个是蛋白质序列。 cds序列和蛋白质可以在ensembl ...

Sat Feb 29 01:06:00 CST 2020 4 3041
JMeter压力测试及并发量计算-1

一、JMeter的安装(Linux) 1. 下载JMeter:这个就不细说了,直接去(http://jmeter.apache.org/download_jmeter.cgi)下载。 2. 解压: ...

Tue Feb 06 23:25:00 CST 2018 1 29434
JMeter压力测试及并发量计算-2

一个每天1000万PV的网站需要什么样的性能去支撑呢?继续上一篇,下面我们就来计算一下,前面我们已经搞到了一票数据,但是这些数据的意义还没有说。技术是为业务服务的,下面就来说说怎么让些数据变得有意义。 一、聚合报告初识聚合报告是不是有些眼熟,是的你没看错,他跟Apache AB的结果是类似 ...

Tue Feb 06 23:26:00 CST 2018 1 9917
计算之路:为什么要选择计算

计算之路系列博文分享的是我们将网站从IDC机房迁移至云计算平台的实际经历,目前处于准备阶段,这次分享的是我们为什么要选择计算。 这篇博文分享五个方面的考虑。 一、有效解决硬件单点故障问题 单点故障是指某个硬件的故障造成网站某个服务的中断。要真正解决这个问题,需要为每个硬件准备冗余,这不 ...

Wed Feb 27 23:57:00 CST 2013 29 9037
 
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