原文:MAFFT 进行多序列比对

简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多,有文献报道:比对速度 Muscle gt MAFFT gt ClustalW gt T Coffee ,比对准确性 MAFFT gt Muscle gt T Coffee gt ClustalW 。因此,推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对。 安装 使用 输入文件为fasta 的aa nt 较为精确 ...

2019-12-29 19:01 0 2962 推荐指数:

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MAFFT多重序列比对--(附比对彩标方法)

[转记]MAFFT多重序列比对图解教程 【絮语】   一提到多重序列比对,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx为ClustalW的GUI版),其实有一款多重序列比对软件-MAFFT,不论从比对速度(Muscle>MAFFT ...

Sun Jun 21 21:34:00 CST 2015 0 16209
用blastall进行序列比对

用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File ...

Fri Mar 06 18:38:00 CST 2020 0 698
megacc的进行序列比对

1.软件的安装: 网站:http://www.megasoftware.net/ windows上安装,下载windows-command line(cc)版本的,格式为zip,解压之后,里面有两 ...

Fri Dec 22 03:59:00 CST 2017 0 1842
muscle 软件进行序列比对

今天在使用muscle 软件进行序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap ...

Tue Jun 27 22:20:00 CST 2017 0 2409
用blast blastn进行序列的搜索(比对

blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越 ...

Tue May 18 01:25:00 CST 2021 0 1893
序列比对

文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对(或多序列联配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多条(3 条或以上)有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对,尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
序列比对&建树

目录 目标物种和序列 相关Seq列表 多序列比对的原理和方法 相关的工具 建树的几种方法 实际操作 Muscle&ClustalW 可视化 ...

Mon Apr 06 09:05:00 CST 2020 0 669
 
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