原文:从序列查找下载(NCBI)处理到多序列比对----记录一次不太成功的尝试

一 问题呈现 找到Streptomyces属里hrdb基因的启动子 hrdbp 的保守序列,希望以此推断出 区和 区。 二 过程 下载 条hrdb基因的启动子序列,并处理形成一个fasta文件 . 以coelicolor A 的hrdb基因为源头,通过blast找到得分最高的前 条序列。Download下载Hit Table txt 格式的文件,这个文件表头会告诉你每一列显示的是什么。 接下来用e ...

2019-12-31 22:25 0 1197 推荐指数:

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序列比对

文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对(或多序列联配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多条(3 条或以上)有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对,尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
记录一次OCR程序开发的尝试

记录一次OCR程序开发的尝试 最近工作中涉及到一部分文档和纸质文档的校验工作,就想把纸质文件拍下来,用文字来互相校验。想到之前调用有道智云接口做了文档翻译。看了下OCR文字识别的API接口,有道提供了多种OCR识别的不同接口,有手写体、印刷体、表格、整题识别、购物小票识别、身份证、名片等。干脆 ...

Tue Sep 15 02:55:00 CST 2020 5 710
Mega-序列比对

Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...

Thu Mar 05 21:09:00 CST 2020 0 2365
用blastall进行序列比对

用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File ...

Fri Mar 06 18:38:00 CST 2020 0 698
序列比对&建树

目录 目标物种和序列 相关Seq列表 多序列比对的原理和方法 相关的工具 建树的几种方法 实际操作 Muscle&ClustalW 可视化 ...

Mon Apr 06 09:05:00 CST 2020 0 669
序列比对-muscle & trimal

2021年了,从零开始几个字可以去掉了,做了很多次服务器搭建,其实能够叫零的之前已经是讲完了。 其实应该做一个总结,但是没有时间,后面再说吧。 本文也没有什么内容,因为很简单: ...

Fri Jan 29 03:09:00 CST 2021 0 580
序列比对那点事儿

序列比对那点事儿 2012-04-17 ~ ADMIN 本来这应该是一本书,那样的话的确需要花一点心思,就写成一篇短文吧。 从字符比对开始说起吧。第一个问题最简单,如何判断两个字符串是相等的。 int strcmp(const ...

Fri Oct 19 05:50:00 CST 2018 0 1405
MAFFT 进行多序列比对

简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多,有文献报道:比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee> ...

Mon Dec 30 03:01:00 CST 2019 0 2962
 
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