原文:基因组序列注释 (基因结构预测)

基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型,有三种策略: 同源预测 homology based prediction :有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高,所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录组预测 transcriptome based prediction :通过物种的RNA seq数据辅助注释,能够较为准确的 ...

2019-12-21 17:29 0 4736 推荐指数:

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基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记。 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组、转录、蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com ...

Tue May 25 05:28:00 CST 2021 0 1963
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测基因结构预测基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
基因组注释】ncRNA注释

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
转录入门(4):了解参考基因组基因注释

任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组; 2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看感兴趣的基因结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截图几个基因的IGV可视化结构 4.下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
mVISTA 多序列比对叶绿体基因组

mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较,可以对比对结果进行可视化。 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上传文件不得> 10 Mb ...

Tue Jan 26 17:41:00 CST 2021 0 752
参考基因组

参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
 
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