基因家族成员鉴定
就基因家族工作做一简单介绍 基本思路 数据准备 确定好研究的基因家族后（比如：NBS，MADS-box etc.），下面就可以下载相关数据。 所研究物种的基因组序列； genome.fa 所研究物种蛋白序列；pep.fa 所研究物种gff文件 目标基因家族 ...
原文：如何利用HMMER鉴定基因家族成员
通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时候我们都需要设定e value值。今天我们来学习一下利用HMMER来鉴定基因家族成员。 利用软件HMMER进行模型搜索，软件官网：http: hmmer.org download.html，主要用到hmmsearch,已经来自pfam数据库的隐马尔可夫模型。记住模型下载 ...
2019-12-18 21:50 0 3339 推荐指数：
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