plink: 计算多个SNP集的连锁不平衡（ld）
plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...
原文：利用plink软件基于LD信息过滤SNP
最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记。 工具版本：PLINK v . b . bit Aug 一 格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式，map和ped格式： map文件第二列必须要有唯一标识，否则后面区分不了那些snp被剔除 此 ...
2019-12-11 21:21 0 1172 推荐指数：
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