原文:使用limma、Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌

Contents 摘要 背景介绍 初始配置 数据整合 . 读入计数数据 . 组织样品信息 . 组织基因注释 数据预处理 . 原始数据尺度转换 . 删除低表达基因 . 归一化基因表达分布 . 对样本的无监督聚类 差异表达分析 . 创建设计矩阵和对比 . 从表达计数数据中删除异方差 . 拟合线性模型以进行比较 . 检查DE基因数量 . 从上到下检查单个DE基因 . 差异表达结果的实用图形表示 使用ca ...

2019-12-11 09:42 0 264 推荐指数:

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RNA-seq(9):功能富集分析

这部分开始进行基本的富集分析,两类 A:差异基因富集分析(不需要表达值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有无差异,需要全部genes表达值 ...

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